Das Sammelkartenspiel „Duel Monsters“ gewann in den letzten Jahren innerhalb des Serienuniversums erheblich an Popularität und ist mittlerweile fest in den dortigen Alltag integriert. Der in dieser Welt aufgewachsene Jaden Yuki wird an einer Schule aufgenommen, die - wie einige andere weltweit - sich auf das Vermitteln von Lerninhalten zu diesem Kartenspiel spezialisiert hat. Die Akademie wurde von Seto Kaiba gegründet und ist auf einer einsamen Insel nahezu völlig von der Außenwelt abgeschnitten. Daher beschränkt sich das Geschehen in den ersten Folgen meist auf diese Insel.
Die erste Staffel
Der Hauptcharakter Jaden kommt nach einigen Querelen als vielversprechendes Duelltalent zur Duellakademie und macht schnell von sich und seinen Fähigkeiten Reden, so dass er bald sogar die Akademie in einem Duell gegen eine konkurrierende Duellschule vertritt und auch als Sieger hervorgeht. Neben vielen neuen Freunden findet er auch zunächst in dem Vizekanzler der Duellakademie und dem Mitschüler Chazz erbitterte Gegner, die er jedoch nach und nach auf seine Seite zieht.
Ab Folge 27 geht es dann mit der ersten richtige Handlung los: Sieben Kopfgeldjäger sollen im Auftrag des früheren Schulleiters Kagemaru sieben Schlüssel, die sieben ausgewählten Duellanten anvertraut wurden, stehlen. Mit den sieben Schlüsselfragmenten lassen sich in einer Höhle unter der Duellakademie sieben Steintore öffnen, die zusammen die Geister dreier Dämonen versiegeln. Würden die Dämonen wieder Freiheit erlangen, so würde sich Chaos über die Welt verbreiten.....
Die zweite Staffel
In der zweiten Staffel der Serie hat sich einiges verändert: Kanzler Sheppard hat die Duellakademie verlassen. Dr. Crowler hat die Leitung übernommen, sein neuer Vizekanzler ist der ebenso extravagante Bonaparte. Die beiden sehen sich mit dem Problem konfrontiert, dass die Akademie immer mehr an Popularität verliert und versuchen nun Duellprofis anzuwerben.
Auch Zanes Debüt als Duellprofi ist alles andere als positiv. Nicht nur, dass er bei seiner Niederlage wie ein Amateur aussieht, sein erster Gegner Aster Phoenix verwendet auch das gleiche Deck wie Jaden und kündigt darüber hinaus an, sich als Student der Duellakademie einzuschreiben....
Die dritte Staffel
In der dritten Staffel wird die weiße Unterkunft wieder zur blauen. Jaden, Syrus, Alexis und Atticus sind mittlerweile im letzten Jahr an der Akademie, und Blair, welche in Jaden verliebt ist, ist jetzt auch an der Akademie. Die Akademie bekommt besuch von Prof. Viper und den besten Duellanten aus anderen Akademien, Jesse Anderson, Axel Brodie, Jim Crocodile Cook und Adrian Gecko. Zunächst wird jeder Duellant auf der Insel mit einem "Bio-Band" von Professor Viper ausgerüstet, und er startet die Überlebensduelle. Jaden und seine Freunde lernen die neuen Duellanten durch Duelle besser kennen, bemerken aber auch gleichzeitig die Wirkung der Bio-Bänder, welche die Duellstärke eines Duellanten aussaugt. Sie kommen hinter das Geheimnis von Viper, und er duelliert sich mit Jaden. Viper verliert, und die gesamte Duellakademie wird in eine andere Dimension versetzt......
Die vierte Staffel
In der letzten Staffel befinden sich die Hauptcharaktere in ihrem Abschlussjahr, ausgenommen Hassleberry und Blair. Durch die Verschmelzung mit Yubel ist Jaden vom Kind zum Erwachsenen geworden. Ein neuer Student taucht auf, welcher sich als Yusuke Fujiwara ausgibt, und alle manipuliert, ihn zu kennen. Doch bei Jaden funktioniert der Trick nicht. Gleichzeitig taucht auch ein neuer mysteriöser Gegner auf: Trueman, welcher sich auch Mr. T nennt. Er ist hinter Yusuke her, aber seine wahren Ziele sind noch unbekannt. Auch Zane kehrt zurück, doch immer noch sehr geschwächt von der Finsternis in seinem Herzen, er übergibt seinem kleinen Bruder sein altes Deck und will sich ein neues bauen. Später stellt sich heraus, dass Yusuke nicht Yusuke ist, sondern Honest, sein Duellgeist, auf der Suche nach seinem Meister. Trueman fordert Jaden einige Male heraus, zieht aber immer den kürzeren. Nach einiger Zeit lässt Mr. T zunächst einige Studenten der Akademie, dann alle Menschen in Domino verschwinden, am Ende sind nur noch Atticus, Jaden und Jesse auf der Welt. Es stellt sich heraus, dass hinter Trueman der wahre Yusuke, welcher von Nightshroud kontrolliert wird, steckt.....
